Meditace je hlavní součástí lekce kundaliní jógy. Dechová cvičení a fyzická cvičení (krije) jsou přípravou pro meditaci. Říká se, že meditace staví mysl, ale není tomu tak. Naše mysl je generátorem myšlenek, ale jakých myšlenek? Čistých a jasných nebo tlumených, temných a špinavých.. Naše myšlenky jsou při meditacích přítomny, ale my se učíme se od nich odpoutat a nereagovat na ně. Pokud dovolíme myšlenky prostě pouze protékat, naše mysl se dostane do stavu klidu. Meditace v kundaliní józe zapříčiňuje blaženost mysli. A jestli se vám chce plakat či jste rozčílení, to nic není, to je jen bolest, kterou jste utrpěli v raném dětství či dospívání nebo třeba včera, dovolte jí odejít, osvoboďte se od ní a budete blažení.
Často se při meditaci zpívají mantry. Mantra – je slovem nesoucím zvuk, který nás spojuje s vibracemi božského nekonečna. Mnohonásobným opakováním tohoto zvuku v sobě probouzíme a očišťujeme mysl a vědomí, působíme na pozitivní změny v nás, osvobozujeme skrytý potenciál a získáváme zkušenost o Bohu a nekonečnu. Pokud vyslovujeme mantru nahlas nebo jen tak pro sebe, soustředíme se na pozitivní božský zvuk, který narušuje negativní podvědomí.
Doba meditace je vštěinou přesně danná, nicméně někdy může být i libovolně dlouhá. Obvykle je to 3, 11, 22, 31 nebo 62 minut či 2,5 hodiny. Pozitivní změny v endokrinní soustavě se objevují po 3 minutách. Po 11 minutách se stimuluje hypofýza a nervový systém. Tři duchovní těla jsou v rovnováze po 22 minutách. Rovnováha mysli, aury i elementů prvních pěti čaker se navozuje při 31 minutové meditaci. Vnitřní Já a vnější projekce se vyrovnává za 62 minut. Meditace prováděná 2,5 hodiny má vliv pro další den na rovnováhu všech duchovních činností, které provádíte.