Kundaliní jógu lze provádět i během všech stádií těhotenství. V první fázi těhotenství, kdy přichází únava, může kundaliní jóga pomoci nalézt duševní rovnováhu a klid. V další fázi pak pomůže jóga posílit vnímání probíhajících změn a prohloubit vztah k děťátku. V posledních měsících působí jóga pozitivně na tělesné orgány, které pracují o 40% více než jindy. Kundaliní jóga pomůže zmírnit těhotenské příznaky jako jsou bolesti zad, pálení žáhy nebo bolesti hlavy a pomocí dechových a tělesných cvičení umožní se připravit na samotný porod.
Cviky kundaliní jógy pro těhotné jsou zaměřeny přímo na „jiný stav“, což znamená, že jsou vynechány pozice v poloze na zádech a převrácené pozice jako je např. svíčka. Stejně tak jsou nevhodné asány zaměřené na posílení břišních svalů. Vzhledem k těmto omezením není tedy v tomto období účelné navštěvovat skupinové kurzy obecné kundaliní jógy a je vhodnější zvolit lekce jógy pro těhotné.